Прошло два года после возвращения Хранителей Вонголы из будущего. Целых два года после победы над Бьякураном. За прошедшее время не было глобальных конфликтов с другими мафиозными семьями, не появлялось на пути наших героев новых кандидатов в поработители/уничтожители мира. Жизнь текла размеренно и спокойно, по крайней мере настолько, насколько это было возможно с таким учителем, как Реборн. Нет, много времени по-прежнему уделялось тренировкам и самосовершенствованию, но за последний месяц даже Реборн всё реже устраивал своим подопечным уже привычные испытания. Затишье перед бурей, не иначе.
И вот, однажды, одним прекрасным и всё ещё по-летнему тёплым осенним утром, Хранителям Вонголы и некоторым их школьным друзьям суждено было проснуться отнюдь не там, где они некогда засыпали. Незнакомый потолок гостиничного номера – вот то, что  они увидели сразу после пробуждения. Как они попали сюда? И, что самое главное, почему они помнят лишь то, что являются простыми среднестатистическими учениками старшей школы Намимори? Нет ни одного воспоминания о Вонголе, мафии и пережитых битвах. Смогут ли Хранители вновь объединить свои силы для победы над неизвестным врагом? Ответ на эти вопросы мы узнаем в ходе игры.